Criomicroscopia Eletrônica de Transmissão (Crio-ME ou Cryo-EM – Cryogenic Transmission Electron Microscopy) é amplamente utilizada para a observação de uma variedade de sistemas, desde materiais moles até biomoléculas, sendo uma técnica poderosa para a investigação da estrutura de proteínas. O método de congelamento por imersão para vitrificação de amostras preserva a estrutura nativa das partículas, fornecendo informações estruturais de alta resolução das biomoléculas. O LNNano possui criomicroscópios eletrônicos de transmissão de última geração, dois deles totalmente equipados para apoiar projetos de biologia estrutural, contando com detectores diretos de elétrons, filtro de energia e phase plates, operando em 200kV e 300kV. Os laboratórios de preparação de amostras estão equipados para apoiar todas as atividades necessárias de preparação de amostras, incluindo uma sala NB-2.​

Especificações: Microscópio eletrônico de transmissão, com canhão de elétrons LaB6 e voltagem de aceleração de 120 kV. Equipado com uma câmera CMOS 4k x 4k que permite aquisições em baixa dose e porta amostras criogênicos de entrada lateral.
Técnicas: Imageamento por criomicroscopia eletrônica para análise de ultraestrutura celular e de biologia estrutural.

Especificações: Microscópio eletrônico de transmissão, com feixe de elétrons emitido por efeito de campo e voltagem de aceleração de 200 kV. Equipado com sistema automático para armazenamento e troca de grades, em temperatura criogênica. Equipado com uma câmera CMOS 4k x 4k, que permite aquisições em baixa dose, e um detector direto de elétrons. Software para coleta automatizada de imagens.
Técnicas: Imageamento por criomicroscopia eletrônica para análise de ultraestrutura celular e otimização de projetos de biologia estrutural.

Especificações: Microscópio eletrônico de transmissão corrigido, com feixe de elétrons emitido por efeito de campo e voltagem de aceleração de 300 kV. Equipado com sistema automático para armazenamento e troca de grades, em temperatura criogênica. Equipado com uma câmera CMOS 4k x 4k, dois detectores direto de elétrons, sendo um com filtro de energia, e “phase plate”. Software para coleta automatizada de imagens.
Técnicas: Imageamento em temperatura ambiente e por criomicroscopia eletrônica para análise preliminar de amostras, contrastação negativa, treinamento e projetos de análise de ultraestrutura celular.